Michał nie pozostawił po sobie tekstów drukowanych. Swoje powołanie i misję duszpasterską widział nie w pisarstwie, a w praktycznej działalności. Najważniejszym źródłem charakterystyki jego duchowości w skali całego jego dorosłego życia są Sprawy duchowe, czyli dziennik życia duchowego z lat 1926-1944, które w większej części zostały już wydane z inicjatywy o. Zygmunta Brunona Mazura. Zasługują one na pełną wiarygodność. Były bowiem pisane tylko dla siebie, celem kontroli swoich wysiłków w kształtowaniu własnej duchowości. Dlatego wiele myśli o. Michał zaznaczył tylko hasłowo, w sposób nierozwinięty, bez szczególnej dbałości o formę językową, w sposób dla postronnego czytelnika czasem niemożliwy do wniknięcia, nawet w domysłach. Do tych samych wątków i spraw często powracał, za każdym razem w innym ujęciu, jakby od innej strony.
Na duchowości o. Michała zaważyła specyficzna atmosfera domu rodzinnego, naznaczonego autentyzmem wiary i religijności. Polegał on na zharmonizowaniu uznanych prawd wiary oraz nakazów kościelnych w życiu codziennym wszystkich członków rodziny. Jak pisze Paweł Czartoryski w omówieniu Ojciec Michał Czartoryski – tradycje i środowisko rodzinne, w domu rodzinnym obowiązywała zasada księcia Adama Czartoryskiego: „Katolicyzm nie powinien być z miłości Ojczyzny, ale patriotyzm z miłości Boga” . Oznaczało to, że religię w środowisku rodzinnym i tradycji Czartoryskich traktowano jako wartość pierwotną, nadrzędną i troszczono się, aby nie była traktowana instrumentalnie przez politykę. Katolicyzm Czartoryskich miał swoje silne podstawy w tradycji rodzinnej środowiskowej i narodowej. Przestrzegając pieczołowicie tradycji religijnej, a zarazem polskiej obrzędowości – również domowej – tępiono dewocję.
Włodzimierz Cieński twierdzi, że Jan Czartoryski dał się poznać jako apostoł społecznego i wspólnotowego myślenia i działania w duchu Ewangelii. Z ówczesnych inicjatyw zrodził się ruch „Odrodzenie”. Jan Czartoryski już jako O. Michał odgrywał w nim nadal czołową rolę, a mając znakomite zrozumienie i wyczucie Kościoła i jego misji, chronił ten ruch przed podporządkowaniem go polityce. O. Michał dbał, aby „Odrodzenie” było przede wszystkim środowiskiem wychowawczym i głęboko religijnym, a nie „wylęgarnią” polityków chadeckich. W dużej mierze dzięki O. Michałowi taki kierunek działania zachowało lwowskie środowisko „Odrodzenia”. Zdaniem Włodzimierza Cieńskiego O. Michał rozumiał potrzeby młodych. W jego przekonaniu życie religijne i wspólnotowe było religijną koniecznością. Wszystko to leżało u podstaw praktycznych inicjatyw znanych z biogramów O. Michała.
Cenił naukę i prace naukowe, a zwłaszcza pisma mistyków (np. św. Katarzyna Sieneńska). Studiował je bardzo pilnie celem ubogacenia swojej wiedzy i umiejętności potrzebnych w praktycznej działalności kapłana i zakonnika. Jego zdaniem należało studiować „ciągle, dla siebie, dla życia i dla nauki”, w znaczeniu uczenia się . Miał jednak swoje własne przemyślenia, do których dochodził uporczywą refleksją, modlitwą, czerpiąc z własnych i cudzych doświadczeń.
Był człowiekiem bardzo subtelnym duchowo, głęboko pragnącym doskonalenia się „w duchu i w prawdzie”. Pod tym względem stawiał sobie wysokie, a właściwie coraz wyższe wymagania. Nigdy nie poprzestawał na tym co osiągnął w życiu duchownym. Być może dlatego ciągle boleśnie odczuwał swoją niedoskonałość, słabość, że nie może tak, jak chciał sprostać Bożej łasce, wymaganiom Ewangelii. Z tego samego powodu nieraz zarzucał sobie nieudolność. „Jak źle Mu służę” – z bólem i dramatyzmem zanotował w swoim dzienniku w 1928 r. Świadomość tej sytuacji nosił w sobie także w czasie wojny.
Zdumiewa głębokie pragnienie O. Michała przeżywania Boga, Jego czci. Wynikało ono z silnie zakorzenionego w nim przeświadczenia, że Bóg jest Panem. Z tego też – obok innych motywów – wywodziła się pełna determinacji, niezwykle silna wola O. Michała, pełnego poddania we wszystkim Bogu. Od takiej postawy uzależniał szczęście także na ziemi. Nosił w sobie żarliwą wiarę w Boże miłosierdzie i przeświadczenie, że celem człowieka jest – jak sam pisał – Gloria Dei. Nurtowało go nieustanne pragnienie świętości, podobania się Bogu. Służbie Bogu chciał oddać się całkowicie i w tym celu podejmował, ciągle na nowo, przeróżne wysiłki. Gorliwość w służbie Bogu była nieustannym jego pragnieniem. Odczuwał potrzebę współpracy z łaską Bożą. W związku z tym uporczywie dążył do teologicznego zgłębienia tajemnic Bożych. Sama wiedza religijna nie była dla niego celem, lecz środkiem. Służyła ona głębszemu przeżywaniu Boga i wiary.
Ogromną wagę przywiązywał O. Michał do modlitwy. Wszystkie jego sprawy, małe i wielkie, wszystkie refleksje, prace, dążenia, plany, nasycał modlitwą – żarliwą, zawsze nacechowaną oddaniem się Bogu. Podobnie jak we wszystkim, co czynił, usilnie starał się o modlitwę doskonałą, a nie mogąc sprostać takiemu żądaniu wobec siebie, przeżywał prawdziwy duchowy ból, wyrzucając sobie przy tym swoje słabości. W miarę jak wchodził coraz bardziej w swoje czynne życie kapłana i zakonnika modlitwy było coraz więcej w jego codzienności. Drugi zeszyt jego Spraw duchowych zaczyna się od rozważania na temat modlitwy i od prośby, aby Chrystus przemienił go całkowicie. Bardzo cenił i praktykował „modlitwę myślną”, łącząc ją z potrzebą kontemplacji.
Zastanawiający jest stosunek O. Michała do męczeństwa. Nie przewidywał swojego męczeństwa, ani też nie czynił z niego jakiegoś szczególnego przedmiotu swoich dążeń. W pierwszym zeszycie Spraw duchowych prawie w ogóle nie pisze o męczeństwie. Na tych kartach, jeszcze u progu przygotowań do życia zakonnego i kapłańskiego, w czasie rekolekcji w 1927 r. krótko zanotował: „Wiara daje moc męczeństwa” . Męczeństwo zatem, zdaniem O. Michała nie było celem, ale konsekwencją wiary, bezgranicznej miłości Boga, bezgranicznego poświęcenia się ludziom w duchu wiary. Teologicznie piękną myśl na ten temat zanotował we wrześniu 1933 r., choć nie wspomina w niej o męczeństwie . Tego samego dnia przytoczył ewangeliczne „Sprzedaj co masz i pójdź za mną”, dodając: „opuścić świat, zaprzeć się siebie i wziąć swój krzyż”, oraz: „Ofiara z siebie dla Boga i bliźnich, ofiara z Chrystusem – Bogu” . O. Michał nosił więc w sobie pełną gotowość męczeństwa, gotowość nacechowaną determinacją, wynikającą z pełnego oddania się Bogu i bezkompromisowego wyrzeczenia się siebie.
Kiedy więc w sytuacji skrajnej przyszedł czas próby, nie lękał się o swoje ciało i swoje doczesne życie, bo jedno i drugie od lat bez reszty poświęcił Chrystusowi. Stąd pochodził jego bezgraniczny spokój także w ostatnich chwilach przed męczeńską śmiercią, co potwierdzają osoby, z którymi wówczas się stykał.
Wojna była szczególnie groźna dla narodu polskiego, bo zarówno ze strony Niemiec jak i Rosji sowieckiej oznaczała metodyczne działania zmierzające do jego wyniszczenia. W tej sytuacji w duszy O. Michała dojrzewała myśl o męczeństwie. Zresztą i w tych warunkach nie mówił o męczeństwie wprost, ale o cierpliwości i wytrwałości. Na kilka miesięcy przed śmiercią, w styczniu 1944 r. pisał o wielkiej cierpliwości i wielkiej wytrwałości, „która ma być cnotą wielką i odzianą w miłość i jest prawdziwym męstwem, które ma nas prowadzić aż do końca – do śmierci, do męczeństwa” . Doświadczenie wiary z reguły wyprzedzało u O. Michała refleksję o wierze, którą potem odnotowywał w swoim dzienniku. Tak było również w wypadku męczeństwa. Pełna determinacja, gotowość męczeństwa O. Michała miała już kształt całkowicie dojrzały, gdy została zanotowana w Sprawach duchowych. Z potrzeby takiej dojrzałości czasem się zwierzał. Jak wspomina siostra Dominika Bińkowska OP, w czasie wojny w jednej z nauk rekolekcyjnych podczas przygotowań do sakramentu bierzmowania mówił: „Do męczeństwa trzeba się przygotować” . Słowa te niewątpliwie odnosił nade wszystko do siebie. Taki bowiem był jego styl bycia i apostołowania, że każde przemyślenie odnosił najpierw do siebie samego.
Ojciec Michał nigdy nie starał się o rozgłos. Krąg jego znajomych przyjaciół – duchownych i świeckich – był niewielki. Ale to nieliczne grono darzyło go zawsze głębokim, szczerym, często pełnym oddania szacunkiem i podziwem. Uderzający jest sposób w jaki ludzie z tego kręgu zareagowali na wiadomość o jego męczeńskiej śmierci. Żadnej rozpaczy, żadnego dramatyzowania nie znajdujemy w ich reakcjach. Dali temu wyraz w listach kondolencyjnych. Niemal wszyscy, nawet członkowie rodziny o. Michała przyjęli jego śmierć jako bohaterskie ukoronowanie jego życia, nacechowanego również bohaterstwem w realizowaniu Bożych wymagań.
Pozostawione przez o. Michała teksty i fakty z jego życia do dziś pozostają wymowne. Nie można ich rozpatrywać jedynie dla analizy czy charakterystyki historycznej, religijnej czy jakiejkolwiek innej. Zawiera się w nich jakiś nakaz przenikający do umysłu i serca. Jego życia nie da się jedynie rozpatrywać, ono zmusza, aby się wobec niego ustosunkować. W życiorys błogosławionego dominikanina wpisała się jakaś szczególna moc Boża, która nadal przemawia.
Jan Andrzej Spież OP