Cywile, którym pozwolono opuścić piwnice, mówili, że gdy byli wyprowadzani na zewnątrz, widzieli jak o. Michał siedzi wśród łóżek rannych i głośno, ale ze spokojem odmawia różaniec; jego spokój udzielał się rannym.
Znamy kilka relacji o ostatnich chwilach o. Michała. Najprawdopodobniej Niemcy zastrzelili rannych w łóżkach, a innych, w tym również o. Michała, wyprowadzili na zewnątrz. Tam, oskarżając kolejno każdego o bycie bandytą, rozstrzeliwali. Ojca Michała nazwali „największym bandytą”, bo zorientowali się, że jest kapelanem powstańców i nosi strój duchowny. Także jego rozstrzelali. Wszystkie ciała wywleczono na barykadę i spalono, a szczątki kazano zakopać. Już po powstaniu, gdy ekshumowano zabitych, nie dało się rozpoznać i odnaleźć szczątków o. Michała. Prawdopodobnie leżą one na cmentarzu Gloria Victis na warszawskiej Woli. Nie mamy więc doczesnych relikwii bł. Michała Czartoryskiego.